Entre 2 et 3 % de tout le trafic maritime mondial passe par le Canal de Panama (5 % avant la crise économique mondiale), qui reste derrière celui de Suez. L’inauguration des nouvelles écluses en 2016 ont permis d’augmenter ce pourcentage.
Aujourd’hui une moyenne de 14000 navires transitent par le Canal chaque année à raison d’une petite dizaine d’heures par transit ; porte-conteneurs, mais aussi rouliers, vraquiers ou chimiquiers. Souvent construits pour passer au plus juste dans les écluses, on appelle ces navires Panamax.
Chaque navire traversant le Canal doit payer un péage en fonction de sa taille et sa marchandise. Si lors de la domination américaine le Canal avait encaissé 568 millions de dollars (1998) par ce concept, en 2012 le chiffre dépassait les 1500 millions de dollars, démontrant la capacité des panaméens à gérer cet énorme infrastructure.
Sur le plan écologique, les avis sont controversés. D’une part le canal a constitué une barrière et une cassure dans l’écosystème panaméen. Le trafic maritime perturbe aussi à l’évidence cet écosystème. Mais la forêt et le climat tropical sont aussi un impératif pour le bon fonctionnement du Canal. En effet, chaque passage dans les écluses représente environs 200 millions de litres d’eau rejetés dans les océans. Cet eau provient du lac artificiel Gatun qui a besoin de ce climat et forêt tropicale pour se remplir.
La navigation dans le Canal et le passage des écluses nécessite des pilotes expérimentés. Ils doivent Dominer parfaitement le pilotage par inertie pour manœuvrer dans l ‘espace réduit du canal et des écluses, un environnement totalement différent de la mer ouverte. Le corps de pilotes du Canal de Panama a la particularité d’être le seul endroit au monde où le capitaine du navire cède le contrôle total (et ce du point de vue opérationnel et administratif) au pilote pour toute la durée de la traversé. 268 pilotes opèrent dans le Canal, dont seulement 2 femmes, la capitaine Vilma Romero et la capitaine Marianela Smith.