Entre el 2 y el 3% de todo el tráfico marítimo mundial pasa por el Canal de Panama (5% antes de crisis económica mundial de 2008), algo menos que el tráfico en el Canal de Suez. La inauguración de unas nuevas esclusas, en 2016, ha permitido aumentar ese porcentaje.
Hoy en día transitan por el Canal una media de 14000 navíos anuales. Cada uno de ellos tarda unas diez horas en hacer el recorrido. Son barcos porta-contenedores, buques de carga rodada, graneleros o químicos, construidos a menudo en función de las medidas de las esclusas del Canal. Se les llama navíos Panamax.
Cada barco que atraviesa el Canal debe pagar un peaje en función de su tamaño y su mercancía. Durante el dominio Norte Americano, los ingresos anuales así generados se elevaban a unos 568 millones de dólares (1998). En 2012 la cifra superaba los 1500 millones de dólares, demostrando la capacidad de los panameños para gestionar la enorme infraestructura.
Desde un punto de vista ecológico, las opiniones son controvertidas. Por un lado el Canal de Panama constituye una barrera y una ruptura evidente en el ecosistema panameño y por extensión centro americano. La paradoja está en que el bosque y el clima tropical son imprescindibles para el buen funcionamiento del Canal. Cada paso por las esclusas representa alrededor de 200 millones de litros de agua expulsados al océano. Ese agua proviene del lago artificial de Gatún, que necesita imperativamente el clima tropical para poder rellenarse.
La navegación por el Canal y el paso de las esclusas exige pilotos altamente cualificados. Deben dominar perfectamente el pilotaje por inercia para maniobrar en el espacio reducido del Canal y las esclusas, un entorno muy diferente del mar abierto. El cuerpo de pilotos del Canal de Panama tiene la particularidad de ser el único en el mundo en el que el capitán del barco cede al Piloto el control total (desde un punto de vista operacional y administrativo) durante toda la travesía. 268 pilotos operan en el Canal de los cuales, sólo dos son mujeres : La capitana Vilma Romero y la capitana Marianela Smith.